为了确保食品质量万无一失，必须依靠洁净的生产环境及先进的消毒设备来实现，这个过程应包括从员工进入车间到成品入库为止的所有各个环节。在食品生产链中，“微污染”的控制是一个脆弱的环节，一旦控制不严必将影响食品安全。

一、控制员工的微污染源 
1、控制工人自身新陈代谢物最直接有效的方式为：在生产前换工作鞋、换工作服、戴工作帽、佩一次性口罩，工作衣、帽应穿戴整齐，头发不得露在衣帽外面，禁止涂口红、化妆、喷香水、涂指甲油、佩戴任何饰品、手表等。 
2、进车间前手部彻底消毒，如采用75%医用酒精作为消毒介质流程为：“感应给皂机洗手—水龙头冲洗—感应式烘干—感应式手消毒”；采用其他消毒液作为消毒介质流程为：“感应给皂机洗手—水龙头冲洗—感应式手消毒—感应式烘干”；建议选择第一种方式，因为酒精挥发后手部无任何残留。以首次手部杀菌后时间计算，建议每隔60-90分钟对手部消毒一次，阻隔手部细菌的滋生及繁衍。 
3、生产过程中接触成品的操作必须戴上一次性手套，手套要完整、无破损、不透水，当手被污染后必须按上述洗手消毒程序重新洗手消毒。

二、控制车间空气中的微污染源 
  1、晚上工人下班后采用静态消毒设备，如在包装、冷却及灌装环节采用紫外线杀菌对空气消毒，有效地灭活致病病毒、细菌和原生动物，不产生任何消毒副产物，但紫外线能破坏人体皮肤细胞，严重时引起癌变或损伤眼睛。对于配料、半成品车间及成品仓库建议使用臭氧对空气消毒，其不但可以抑制物体表面细菌生长且臭氧的气味可有效驱赶鼠虫，有效降低生物对食品的危害，需要注意的是无论使用臭氧还是紫外线对人体均有危害，需要在工人下班走清后开启，上班前关闭，然后开窗通风后工人方可进车间。 

三、控制净化洁净室的微污染源 
　　正压净化室是目前保证食品加工环境安全的重要方式之一，由于本身不具备杀菌功能，且只能通过控制尘埃的方式降低微生物含量。只要开机运行，其“微污染源”将逐一显现，如空调表冷器滋生细菌、管道内壁繁衍细菌、过滤器蔓延细菌等。为避免食品企业重资金投入无尘洁净室保证食品生产安全，却未能完全杜绝“微污染”隐患，对于此： 
　　1、员工之管理，在洁净室内污染来源80％来自作业人员，若能使作业人员依洁净室管理办法确实执行管理，而所有人员也均配合实施，则污染源的产生可说已减少大半。 
　　2、进入洁净室员工，必须要具备有达成高洁净度标准，并要维持最好状态的观念。 
　　3、员工进入洁净室数目以维持最小限度为原则（愈小愈好），并须依洁净室进出标准流程进出洁净室。出则相反方向进行，唯不须经缓冲通道或风淋室脱尘处理。