空调系统还可以按负担室内负荷所用的介质种类分为：
　　1．全指室空气系统，是内负荷全部由经过处理的空气承担的空调系统。由于空气比热较小需要用较多的空气量才能满足室内消除余热、余湿，或补给房间所需热量和湿量的要求。因此通常风道断面尺寸较大，在体育馆、候车或候机大厅、商场、剧场等民用建筑和某些要求空调的车间采用这种型式。由于药厂的主要车间在要求空调的同时还要求净化。要靠送入洁净空气来稀释、替换工艺过程对生产环境的污染，保证药品生产过程要求的洁净度。因此，全空气系统是制药厂的主要空调方式“1。
　　2．全水系统，空调房间的热、湿负荷全靠设置于室内，以为介质的热交换排管等装置带走或供给。这种方式不能解决房间的通风换气问题，也满足不了洁净室为保持净化工程室内洁净度，需要相对于室外或相对污染的邻室维持正压的要求。这种空调方式在制药厂不宜采用。一些位于冬季采暖的北方地区的制药厂，在洁净室与室外相邻的缓冲走廊或外参观走廊外侧设置散热器，以分担洁净室空调系统的供热负荷和兼起值班采暖作用，这或者是此种方式与制药厂为数不多的一点联系。
　　3．空气一水系统，是目前公用建筑空调系统最广泛的采用形式。它既不完全依靠空气来负担热、湿负荷，可以减小风道少占建筑空间，又避免了全水系统不能够满足卫生、正压等要求的弊病。带新风的风机盘管系统，诱导器系统都属这种空调方式。对M6.5级及更大的级别的洁净车间，按国外的规定是许可设置冷热交换的室内循环机的。。31这种方式对于生产过程中产尘量较大的车间显然不适宜。即便风机盘管这类设备前设嚣一般过滤器，也难保换热表面长期运行不积沉污物。国内所生产的风机盘管受风压所限，只可配置简易滤网，过滤能力不强，这也是国内在洁净室中不常采用空气一水系统的原因之一。